Um relatório produzido pela Fundação SOS Mata Atlântica aponta que a qualidade das águas do Rio Capibaribe na capital pernambucana é considerada ruim - imprópria para consumo e com alto risco para saúde humana. Além disso, o monitoramento mostra que os indicadores de qualidade pioraram ao longo de um ano.

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O estudo "O retrato da qualidade da água nas bacias hidrográficas da Mata Atlântica" reúne dados coletados de janeiro a dezembro de 2024, em 145 pontos de 112 rios que cortam 14 estados. Entre as classificações ótima, boa, regular, ruim e péssima, o trecho do Capibaribe no Recife é um dos 20 pontos avaliados como ruim.

Com a nascente em Poção, no Agreste Central de Pernambuco, outro trecho do rio analisado pelo SOS Mata Atlântica está em Limoeiro, no Agreste, onde a qualidade da água foi identificada como regular. Também foram coletadas amostras dos rios Jaboatão, em Jaboatão dos Guararapes, e Beberibe, em Olinda, no Grande Recife. Os trechos foram classificados como regulares ao longo de 2024.

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No Recife, a sobrevivência do Rio Capibaribe é impactada diretamente pela cobertura de saneamento básico. De acordo com o Ranking do Saneamento Básico de 2024, produzido pelo Instituto Trata Brasil, menos da metade dos recifenses, cerca de 1,4 milhão de habitantes, têm acesso à rede de esgoto.

Além disso, a quantidade de resíduos tóxicos e materiais não recicláveis jogados diretamente no Capibaribe alteram elementos como aspecto, odor, transparência, temperatura, concentração de coliformes fecais e a presença de  substâncias químicas.